Kariernya dimulai di Divisi Ekuitas Morgan Stanley di Singapura, dan kemudian berlanjut di Deutsche Securities Indonesia pada 1999 sebagai bankir investasi.
BACA JUGA:Tom Lembong: Refleksi dan Kritik atas Kebijakan Pemerintah
BACA JUGA:Sempat Menyesal! Tom Lembong: Refleksi dan Harapan untuk Masa Depan Ekonomi Indonesia
Pada 2000, ia diangkat menjadi Kepala Divisi dan Wakil Presiden Senior di Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN), yang bertugas merekapitalisasi perbankan nasional pasca-krisis moneter.
Tahun 2016 hingga 2019, Tom menjabat sebagai Kepala BKPM.
Setelah itu, ia menjadi penasihat di International Institute for Strategic Studies (IISS) di London dan International Plastic Omnium di Prancis.
Pada 2021, Tom diangkat sebagai Komisaris Utama PT Jaya Ancol oleh Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan.
BACA JUGA:Kasus Vonis Bebas, Kejagung akan Usut Uang Milyaran Ronald Tannur untuk Suap Eks Pejabat MA
Tom Lembong juga mendirikan Consilience Policy Institute di Singapura sebagai wadah bagi para pemikir kebijakan ekonomi reformis Indonesia.
Di tengah Pilpres 2024, Tom dikenal vokal mengkritik kebijakan pemerintah, termasuk kebijakan hilirisasi nikel yang disebutnya menurunkan harga nikel.
Kritiknya sempat mendapat tanggapan keras dari Luhut Binsar Panjaitan, Menko Marves.
Saat itu, Luhut menilai pernyataan Tom tidak berdasarkan data yang tepat.
BACA JUGA:Rekening Diblokir Kejagung, Sandra Dewi Menangis dan Mengaku Harus Meminjam Uang dari Orang Tua-nya
"Ketika Anda di BKPM, apa yang Anda lakukan? Anda ditugaskan menyelesaikan OSS, tetapi sampai Anda meninggalkan kabinet, itu belum selesai. Kami yang menyelesaikannya," ujar Luhut kala itu.